Scova l'outlier

La fregatura di non poter frequentare tutte le lezioni, anche a causa di tediose sovrapposizioni di orario. A tal proposito, sarebbe interessante sviluppare l'organizzazione settimanale degli insegnamenti con gli algoritmi genetici, chissà se ci ha già provato qualcuno... idea che puntualmente ha già avuto qualcun'altro.

Anyway, let's call it a day. Avanti tutta verso la tesi! :)

E anche bioinformatica è archiviata

Nucleotides bonanza

Materia assai affascinante la bioinformatica; mi sono scoperto attratto dalla biologia computazionale e da quello strato di meccanismi e processi naturali che regolano il funzionamento degli esseri viventi. In termini astratti funzioniamo esattamente nella stessa maniera in cui lavorano i computer: il DNA è un linguaggio formale, ed è ammaliante il pensiero che questo codice da interpretare contenga anche il programma stesso dell'interprete: gli enzimi che regolano la sintesi proteica sono a loro volta proteine. Uno "strano anello", per dirla alla Hofstadter.

Certo, dal punto di vista pratico si è risolto tutto in una grande abboffata di programmazione dinamica, perverse strutture dati per indicizzazione (ma con interessanti applicazioni per il web) e algoritmica di ricostruzione di alberi, ma questo è l'aspetto meno rilevante del corso.

Ben più interessante è stato studiare come a partire da quattro basi azotate si dipani un universo di specie; come la natura trovi escamotage perversi per specializzarsi e migliorarsi (per esempio, la bizzarra questione dello splicing alternativo); quante e quali siano le differenze tra i genomi delle specie, spesso assai poche!, e quali tipi di ricombinazione assurdi siano avvenuti nel corso dei millenni (il pensiero di avere codice genetico "fossile" di virus al nostro interno toglie il fiato).

Subunità "grande" di un ribosoma... bel casino!

Ma è anche straordinario vedere come le cellule armonizzino processi mostruosamente complessi, custodendo il codice genetico in modo molto geloso e protettivo, mandando in pasto a quei bestioni dei ribosomi solo delle copie sacrificabili di RNA. In particolare, il processo di traduzione cui sono delegati ha uno smaccatissimo sapore informatico: prendono in input una sequenza di RNA e la analizzano, a mo' di automa, alla ricerca di una sequenza di inizio (il codone di start); da lì in poi avviene un lookup di sotto-sequenze, per collegare tra loro gli amminoacidi corrispondenti, fino al raggiungimento del codone di stop. Tutto molto meccanico ed elementare. Non ricorda vagamente la macchina di Turing? In effetti sì, e c'è chi ha già teorizzato di exploitare il DNA per risolvere problemi di classe NP: Adlemann nel 1994 ha implementato il problema del cammino Hamiltoniano proprio su queste basi, aprendo la strada all'interessantissimo fronte del DNA computing. Chissà se tra qualche decennio i super-computer basati su filamenti saranno all'ordine del giorno.

Dell'epistemologia informatica

Un saggio sul progresso, lettura ideale in spiaggia

...ovvero la scientificità della computer science.

Intrigato dal nome veramente insolito per un insegnamento di informatica e da un programma quasi totalmente umanistico, cosa già di per sé rara, ho deciso di inserire questo corso nel piano di studi e si è rivelato una autentica figata.

L'esame consiste nel produrre un piccolo saggio su temi caldi dell'informatica - nel mio caso analizzati nell'ottica neo-pragmatica di Larry Laudan - e discuterne all'orale.

Questo corso mi ha rivelato un universo di cui ero totalmente all'oscuro perché quasi nessuno, io per primo, si ferma mai a riflettere su cosa effettivamente sia scientifico e cosa oltre il limite della demarcazione, e cosa ci faccia progredire o vada estromesso dal computo. L'informatica ha sì radici lontanissime, millenarie, ma si è concretizzata solo negli ultimi anni, in maniera incendiaria e non sempre rigidamente scientifica. Intimamente legata alla logica e alla matematica, si è assicurata un solido background epistemologico ma, ciononostante, esistono ampi spazi di riflessione, ad esempio tutti quei campi legati alla percezione e al cognitivismo come l'interazione uomo-computer.

Aspetti epistemologici dell'informatica mi ha dato modo di scoprire nuovi aspetti della filosofia (il prof. Colombo è particolarmente seducente nel trattare Aristotele, che ho rivalutato completamente), di consolidare la mia stima per Galileo e Newton (soprattutto dopo aver letto i saggi di Alexandre Koyré), di realizzare in maniera definitiva la mia infatuazione latente per il connessionismo e di scontrarmi coi notevoli problemi di natura filosofico-metafisica dell'intelligenza artificiale, finendo a rovistare negli articoli di Turing subendone l'inevitabile fascinazione.

Probabilmente tutto questo non mi servirà mai in ambito lavorativo. Sapere chi fu Wittgenstein o quale sia la visione di Kuhn temo non mi aiuterà a fare carriera. Tuttavia questo corso ma mi ha riempito di domande e mi ha fatto cambiare quasi totalmente punto di vista sull'informatica, e se l'Università dev'essere prima di tutto una fucina di cultura, per una volta non c'è dubbio che abbia assolto il suo compito.